高中生侦探工藤新一,被称为“日本警察的救世主”,《名侦探柯南》“平成年代的福尔摩斯”.一次在与青梅竹马的女友毛利兰去游乐园游玩时,发现两个行动诡异的黑衣人.新一跟踪他们直到交易现场,另一个黑衣人趁其不注意从后面将他一棒击倒,并灌下一种名为APTX4869的神秘毒药企图杀他灭口,但因为副作用他的身体竟回到发育期的孩童状态.考虑到要是黑衣人知道他还活着的话,必将使周围的亲朋好友受到牵连,于是新一化名为“江户川柯南”,寄住在毛利兰的家中,想借助其父亲,担任侦探的毛利小五郎的力量来找寻黑衣人.不料小五郎不但对其没有帮助,还是个冒失的糊涂侦探.所以发生案件后,柯南用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让小五郎睡着,接着用蝴蝶结领结变声器模仿他的声音来进行推理,解决了许多案件,同时也结交了许多伙伴,并且一直寻找着黑衣组织的人的下落,希望有朝一日将其绳之以法,并变回原来的样子.